Z方向に伸びた/縮んだ状態で出力されてしまいました。対処方法はありますでしょうか?

スライサーの設定とShuffle本体側のスライスピッチの不一致が原因だと考えられます。ChiTuBoxの例ですと、スライサー側のLayer HeightとPhrozen側のprofileに設定したレイヤー高さが一致している必要があります。