Shuffle(NanoDLP)の設定にて、「プリント終了時にシャットダウンする」を選択しても、終了後に本体電源が落ちません。これは正常な動作でしょうか?

プリント終了時のシャットダウンは本体内部のボードコンピュータがシャットダウンするのみとなります。
本体のシャットダウンは本体スイッチを直接操作する必要があります。