寸法全体が縮んでいる、もしくは大きくなっています。 対処方法はありますでしょうか?

STLファイル保存後、Microsoft社製のフリーソフト「3D Builder」で寸法を確認して見てください。モデリングソフトに寄っては,ファイル出力時に寸法の単位系が勝手に変わったりする事で出力サイズが意図しない大きさになってしまう事があります。